Pelni akhirnya mengumumkan juga kalau sejumlah kapalnya mengalami perubahan trayek dan rute secara permanen di tahun 2023. Atau lebih tepatnya perubahan rute kapal Pelni ini berlaku mulai 1 Januari 2023 sampai 31 Desember 2023. Ada 6 kapal Pelni yang mengalami perubahan rute : KM Labobar, KM Tatamailau, KFC Jetliner, KM Pangrango, KM Wilis, dan KM Sangiang. Berikut rincian trayek atau rute barunya :
Rute A : Surabaya – Balikpapan – Pantoloan – Bitung – Ternate – Sorong – Manokwari – Nabire – Serui – Jayapura – Serui – Nabire – Manokwari – Sorong – Ternate – Bitung – Pantoloan – Balikpapan – Surabaya.
Rute B : Surabaya – Makassar – Baubau – Namlea – Ambon – Sorong – Manokwari – Nabire – Serui – Jayapura – Serui – Nabire – Manokwari – Sorong – Ambon – Namlea – Baubau – Makassar – Surabaya.
Rute A : Bitung – Tidore – Sorong – Fakfak – Kaimana – Tual – Timika – Agats – Merauke – Agats – Timika – Tual – Kaimana – Fakfak – Sorong – Tidore – Bitug.
Rute B : Bitung – Ternate – Ambon – Tual – Dobo – Timika – Agats – Merauke – Agats – Timika – Dobo – Tual – Ambon – Ternate – Bitung.
Rute : Kendari – Wanci – Kendari.
Rute : Ambon – Banda – Ambon – Namrole – Ambon – Banda – Saumlaki – Banda – Ambon.
Rute : Batulicin – Makassar – Labuan Bajo – Bima – Waikelo – Waingapu – Ende – Kupang – Kalabahi – Kupang – Ende – Waingapu – Waikelo – Bima – Labuan Bajo – Makassar – Batulicin.
Rute : Bitung – Ternate – Bacan – Sanana – Namlea – Ambon – Banda – Geser – Fakfak – Geser – Banda – Ambon – Namlea – Sanana – Bacan – Ternate – Bitung.